Piensa antes de Genotipar

¿Cuáles terneros tendrán el mejor desempeño en mi rebaño? ¿Cuáles son los puntos más importantes a mejorar en mis animales? ¿Cómo evitar la consanguinidad dentro de la población actual de toros? Eventualmente, todo productor se hará estas preguntas. Las preguntas son claras, pero las respuestas no lo son tanto. El test genómico ofrece una imagen más precisa y ayuda a los productores a tomar decisiones fundamentadas.

La prueba de ADN representa una inversión que debe ser cuidadosamente evaluada. ¿Es siempre rentable esta inversión? ¿Cómo podemos maximizar el retorno de inversión (ROI) en la selección genómica? Al implementar la selección genómica dentro de un sistema de manejo ganadero, es fundamental considerar factores como la confiabilidad, la intensidad de selección, el índice de selección y la norma de reacción fenotípica para desarrollar una estrategia eficaz. Estos factores son determinantes para el éxito del test genómico en su explotación ganadera.

¿Qué es el test genómico?

El test genómico analiza el ADN del animal (conjunto completo de genes) para identificar pequeñas diferencias llamadas SNPs (polimorfismos de un solo nucleótido). Estas diferencias pueden afectar características importantes, como la producción o la salud. A partir del estudio de estos SNPs y su asociación con datos de desempeño en una población de referencia, se calculan valores genéticos estimados genómicos (GEBVs), que permiten predecir el potencial genético del animal para transmitir rasgos deseables a su descendencia. Esto mejora la precisión y rapidez de la selección genética en programas de cría.

El test genómico puede utilizarse con múltiples propósitos, tales como verificación de pedigrí, composición racial, detección de trastornos genéticos, identificación de características genéticas (A2A2) y estimación del valor genético. El valor genético es el potencial que tiene un animal para transmitir sus buenas características a sus crías. A nivel global, se han utilizado dos tipos de valores genéticos: los valores genéticos estimados (EBVs), que se derivan de la información de pedigree, y los valores genéticos probados en hijas (daughter-proven breeding values), que se obtienen a partir del desempeño fenotípico del animal y su descendencia. Actualmente, los valores genéticos estimados a partir de pruebas genómicas son comúnmente usados en programas de mejora genética.

Tras la investigación científica inicial y su uso comercial alrededor del año 2010, el test genómico ha evolucionado significativamente. En CRV, actualmente utilizamos uno de los modelos más confiables para calcular los GEBVs. El test genómico se ha convertido en una práctica establecida en la ganadería moderna, aplicándose para evaluar cada ternero directamente después del nacimiento.

Confiabilidad del test genómico de CRV

Una pregunta común es: ¿qué tan confiable es el test genómico? Para responder, primero debemos considerar la confiabilidad que ofrecen diferentes métodos de estimación genética.

La Tabla 1 muestra la confiabilidad de los valores genéticos para diversos caracteres evaluados mediante tres métodos: pedigrí, método de dos pasos (two-step) y método de paso único (single-step).

Como se observa en la Tabla 1, el método de single-step, que incorpora información genómica directamente, mejora significativamente la confiabilidad en comparación con los métodos basados solo en pedigree o en dos pasos. Por ejemplo, la confiabilidad para la producción de leche aumenta del 39% con pedigrí al 82% con single-step ¹.

Ahora bien, para garantizar esta alta confiabilidad, es esencial contar con una base de referencia sólida y métodos confiables de recolección y cálculo de datos. CRV, cooperativa en Países Bajos y Bélgica, administra el registro de producción y pedigree, y forma parte de EuroGenomics, que posee la población de referencia más grande para Holstein. Los miembros de EuroGenomics validan la calidad de los datos y cumplen estrictas normas para asegurar información fiable ².

Además, CRV recopila datos detallados en predios de prueba sobre salud y eficiencia alimenticia, complementando así la base de datos nacional. Inicialmente, CRV usaba el método de dos pasos, pero en 2023 implementó el método de single-step para mejorar la precisión en la estimación genética, aumentando la confiabilidad hasta en un 29% para ciertos rasgos como la salud de las pezuñas.

La confiabilidad puede ser un concepto abstracto y en ocasiones difícil de entender. En términos prácticos, se puede interpretar como una medida de cuánto puede cambiar el valor genético estimado de un animal desde que se realiza el test genómico hasta que se confirma con datos de rendimiento de sus descendientes. A mayor confiabilidad, menor será la variación futura esperada en ese valor genético.

¿Cuál es la diferencia actual en confiabilidad entre animales genómicamente testeados y no testeados?  La diferencia radica en el cálculo de la confiabilidad. Para animales no testados genómicamente, el valor genético inicial se basa en pedigree y va mejorando a medida que se acumulan datos fenotípicos del animal. En cambio, con un test genómico, se parte desde una confiabilidad mucho mayor desde el inicio, que luego puede incrementarse con datos fenotípicos.

Como se muestra en la Figura 1, la confiabilidad obtenida con un test genómico a los 30 días de edad (línea roja) es mayor que la confiabilidad basada en pedigree más fenotipo incluso después del tercer parto (línea azul). Las líneas verdes marcan los eventos de parto, ilustrando cómo la confiabilidad basada en pedigree y fenotipo aumenta gradualmente con el tiempo y registros, pero sin alcanzar el nivel inicial que se obtienen con el test genómico.

En resumen, un solo test genómico proporciona una confiabilidad mayor que la de una vaca que ha completado su tercera lactancia, es decir, una vaca de aproximadamente cinco años ³.

Retorno de la inversión (ROI)

El test genómico no cambia al animal, solo nos da información sobre qué tan bueno puede ser. La ganancia que un productor obtiene al usar este test depende de cómo use esa información para mejorar su ganado. Además, es importante considerar la producción real del animal, porque eso es lo que realmente se vende. En resumen: si el animal produce más (mejor fenotipo), el productor gana más dinero.

Elija la base genética adecuada

Cuanto mejor se adapte el sistema de manejo a la base genética de referencia, mejores serán los resultados fenotípicos que coinciden con el test genómico.

Para obtener los mejores resultados fenotípicos, utilizamos estimaciones de valores genéticos que se basan en poblaciones específicas, como las de Nueva Zelanda, Países Bajos o Estados Unidos. Cada una de estas poblaciones está adaptada a distintos sistemas de manejo. Las vacas con los valores genéticos más altos dentro de una población determinada tienden a producir los mejores resultados fenotípicos en ese mismo entorno y sistema de manejo.

Como se observa en la Figura 2, el desempeño fenotípico de tres animales, cada uno criado en un sistema de manejo distinto, varía significativamente según el entorno. Cada animal fue criado dentro de su respectiva base genética adaptada a ese sistema, y todos son los individuos con la mayor estimación genética en su población. El gráfico muestra que el rendimiento fenotípico es mayor cuando el animal se encuentra en un ambiente similar al de su base genética de referencia, mientras que su desempeño disminuye en ambientes diferentes.

Este fenómeno ha sido documentado en numerosos estudios científicos⁴-¹⁰. En CRV no utilizamos la misma base genética para todos los mercados. Contamos con diversos programas de mejora genética para ofrecer a los productores el toro más adecuado a su sistema de manejo. Por ejemplo, actualmente proporcionamos la base genética holandesa para Chile, Estas vacas se adaptan bien a sistemas intensivos, semi-pastoreo o pastoreo intensivo. Estas vacas se destacan por su excelente salud, longevidad, patas fuertes y buena locomoción. Cuanto mejor se ajuste el sistema de manejo a la población de referencia de la base genética, mejores serán los resultados fenotípicos, en concordancia con las predicciones del test genómico.

Selección Genómica: Intensidad, Estrategias y Beneficios Económicos

La selección basada en el test genómico ofrece el mayor retorno de inversión en la granja. Existen dos enfoques para el proceso de selección. El primer método es la selección directa, que consiste en eliminar o vender los animales con menor potencial genético. Este método es sencillo y produce una mejora rápida. Sin embargo, tasas elevadas de descarte o venta de terneros suelen ser indeseables o inviables en algunas granjas. El segundo método es seleccionar animales para la reproducción.

Para la reproducción selectiva, inseminamos a los animales con mayor valor genético en el hato utilizando semen sexado. Los animales con menor valor genético se inseminan con semen de carne. Esta estrategia genera dos resultados económicos importantes: primero, la próxima generación será producto de vacas superiores, lo que se traduce en mejores valores genéticos esperados y un mayor avance genético optimizado; segundo, las vacas de menor valor parirán terneros de carne, que suelen tener un valor económico superior al de los terneros machos tipo lecheros vendidos para producción de carne.

En la Figura 3 se representa el beneficio genético que se puede lograr al combinar la selección genómica con el uso de semen convencional o sexado^11–18 . Aunque es posible seleccionar animales basándose en estimaciones de pedigree en lugar de pruebas genómicas, estudios demuestran que este método suele ser menos preciso debido a la baja confiabilidad de los datos. Está bien documentado que, cuando se usa correctamente, el test genómico resulta rentable para la selección.

La selección basada en test genómico maximiza el ROI en la granja, especialmente al aplicar una estrategia de reproducción selectiva. Al inseminar con semen sexado a los animales con mayor valor genético y usar semen de toros de carne para aquellos con menor valor, se optimizan los beneficios económicos. Esto genera una próxima generación con mejores valores genéticos y un mayor avance genético, mientras que los terneros de carne provenientes de vacas con menor valor aportan un mayor valor económico*.

Asignaciones

Otra forma de maximizar el retorno de la inversión es mediante una reproducción más precisa. Esto se logra incorporando valores genéticos altamente confiables en los cálculos de asignaciones. Esta mayor confiabilidad permite la identificación temprana de rasgos indeseables en los animales que deben corregirse en la siguiente generación. En consecuencia, hay menos variación en la descendencia obtenida a partir de los consejos de asignación combinados con el test genómico.^13-14

Mensaje para llevar a casa

Invertir en test genómicos para los animales de su granja es una decisión a largo plazo que dará resultados siempre que se implemente la estrategia de mejora genética adecuada. Esto implica seleccionar los animales correctos para la reproducción con el objetivo de maximizar el ROI. La forma más efectiva de lograrlo es combinando el uso de semen sexado con el test genómico.

En CRV ofrecemos a Cooprinsem herramientas como Herdoptimizer y Sirematch. Estos programas están diseñados para guiar al productor hacia una estrategia de mejora genética adecuada para su graja. El objetivo es maximizar el progreso genético y obtener el mayor retorno posible del test genómico. La posibilidad de personalizar completamente su programa de mejora e incorporar animales no testeados brinda a cada productor la oportunidad de formar un hato equilibrado y rentable en su granja.

A comienzos de julio, realizamos una semana completa de capacitación con el equipo de ventas de Cooprinsem sobre el uso práctico de Herdoptimizer y Sirematch en la granja. Esta formación abarcó desde los conceptos básicos de mejora genética hasta estrategias avanzadas de manejo reproductivo. Tras esta capacitación, en CRV consideramos a Cooprinsem un socio estratégico para construir la ganadería del futuro.

BIBLIOGRAFÍA 

1. AEU. Nieuwe ‘singlestepmethode’ Resulteert in Hogere Betrouwbaarheid. https://www.vereniging-crv.be/wp-content/uploads/2023/12/596-23-document-single-step-AEU-150dpi.pdf (2023).
2. Eurogenomics Harmonization Working group. Memo on Validation of Data Used for Genetic Evaluation. https://hub.allice.fr/mediastore/fckEditor/file/Memo%20-%20Data%20Validation.pdf (2022).
3. AEU. Statistical Indicators E-7 Breeding Value Estimation of Milk Production Traits with Test-Day Model. https://www.cooperatie-crv.nl/wp-content/uploads/2025/04/E_07-Melkproductie-April-2025-Engels.pdf (2025).
4. Calus, M. P. L., Groen, A. F. & De Jong, G. Genotype × Environment Interaction for Protein Yield in Dutch Dairy Cattle as Quantified by Different Models. J. Dairy Sci vol. 85.
5. Rauw, W. M. & Gomez-Raya, L. Genotype by environment interaction and breeding for robustness in livestock. Frontiers in Genetics vol. 6 Preprint at https://doi.org/10.3389/fgene.2015.00310 (2015).
6. Mulder, H. A., Veerkamp, R. F., Ducro, B. J., Van Arendonk, J. A. M. & Bijma, P. Optimization of Dairy Cattle Breeding Programs for Different Environments with Genotype by Environment Interaction. J. Dairy Sci vol. 89.
7. Hammami Hedi, Rekik Boulbaba & Gengler Nicolas. genotype by environment interaction in dairy cattle. Biotechnol.Agron.Soc.Environ (2008).
8. Macdonald, K. A. et al. A comparison of three strains of Holstein-Friesian grazed on pasture and managed under different feed allowances. J Dairy Sci 91, 1693–1707 (2008).
9. De Jong, G. Phenotypic Plasticity as a Product of Selection in a Variable Environments. American Naturalist vol. 145 (1995).
10. Tiezzi, F. & Maltecca, C. Genotype by Environment Interactions in Livestock Farming. in Encyclopedia of Sustainability Science and Technology 1–21 (Springer New York, 2022). doi:10.1007/978-1-4939-2493-6_1115-1.
11. Boichard, D., Dassonneville, R., Mattalia, S., Ducrocq, V. & Fritz, S. All Cows Are Worth to Be Genotyped !
12. Calus, M. P. L., Bijma, P. & Veerkamp, R. F. Evaluation of genomic selection for replacement strategies using selection index theory. J Dairy Sci 98, 6499–6509 (2015).
13. Hjortø, L., Ettema, J. F., Kargo, M. & Sørensen, A. C. Genomic testing interacts with reproductive surplus in reducing genetic lag and increasing economic net return. J Dairy Sci 98, 646–658 (2015).
14. Gorjanc, G., Bijma, P. & Hickey, J. M. Reliability of pedigree-based and genomic evaluations in selected populations. Genetics Selection Evolution 47, (2015).
15. Wellmann, R., Rolfes, A., Rensing, S. & Bennewitz, J. Economic benefits of herd genotyping and using sexed semen for pure and beef-on-dairy breeding in dairy herds. J Dairy Sci 107, 2983–2998 (2024).
16. Ettema, J. F. et al. Economic opportunities for using sexed semen and semen of beef bulls in dairy herds. J Dairy Sci 100, 4161–4171 (2017).
17. Weigel, K. A., Hoffman, P. C., Herring, W. & Lawlor, J. J. Potential gains in lifetime net merit from genomic testing of cows, heifers, and calves on commercial dairy farms. J Dairy Sci 95, 2215–2225 (2012).
18. Mckimmie, C. et al. Impact of Implementing Female Genomic Selection and the Use of Sex-Selected Semen Technology on Genetic Gain in a Dairy Herd in New Zealand. Int J Mol Sci 26, (2025).